Erstens schonmal Cross-Platform-Schwierigkeiten. Zweitens gibt es keine wirklich saubere Trennung von Features, die von CLI kommen und Features, die im C++-Standard vorgesehen sind. Will heißen, stell dir vor du benutzt eher unbewusst etwas aus CLI, gewöhnst dich daran und denkst: Hmmm, ich wechsel mal den Compiler wegen (was auch immer für ein Grund), und auf einmal lassen sich deine ganzen Quellcodes nicht mehr compilieren. Und um über dieses Problem zu stolpern, musst du nichtmal das OS wechseln. Außerdem folgt C++ normalerweise der RAII-Philosophie, CLI ist hingegen garbage collected, und RAII ist sehr schwer mit GC zu vereinbaren.