Lass mich raten...
Zum Zeitpunkt zu dem die FPS auf 0 Springen fliegt auch ein richtiger Haufen Daten aus dem RAM?
Hatte das Problem auch schon mal, Gronkh auch, du schätze ich und wohl auch viele andere Minecraft Spieler. Minecraft schiebt in ein paar Sekunden (in meinem Fall) bis zu 1,6 GB in den RAM, die FPS brechen auf 0 ein und plötzlich besetzt Minecraft nur noch 300 MB. Und alles beginnt von vorne.
Drück mal F3 und beobachte die FPS und RAM Anzeige.
Falls das zutrifft handelt es sich um einen Bug der nicht nur bei dir auftritt.