Die Laggs treten ja auch nicht permanent auf bzw. sind auch nicht bei jedem User gleich.
Für clientseitige Laggs empfehle ich Mods wie Optifine, natürlich können auch serverseitige Laggs, global, bzw. nur in bestimmten Chunks auftreten.
Minecraft ist leider sehr, sehr schlecht programmiert, jeder Glowstone, jedes Redstone alles trägt unglaublich stark dazu bei, dass es zu Laggs kommen kann. Manche Plugins können auch ab und an zu Problemen führen.
Alles in allem ist ein Minecraft-Server ein sehr komplexes Geschöpf, welches es erst einmal zu bändigen gilt, ein Geschöpf so störrisch und widerspenstig, das es Admins zum Verzweifeln bringen kann.
Ihr müsst auch mal eins sehen 11680 registrierte User im Forum, 11680 Datenbanken auf dem Root, wo alle protoklliert wird und einige Plugins müssen permanent diese Datenbanken bearbeiten, natürlich sind nicht so viele gleichzeitig on aber rechnet euch es selbst mal aus.
Jeder Chunk wird berechnet und bleibt in der Berechnung bis zu einem Restart, auch wenn niemand mehr drinne ist.
Es gibt tausend Gründe, tausende Möglichkeiten.
Codet Minecraft in einer ordentlichen Programmiersprache, dann können locker 4-500 User gleichzeitg drauf spielen, von der stärke des Rootes her gesehen.^^