Nur zur Sicherheit: Hast Du die Kommandozeile EXAKT abgetippt, oder den wirklichen Pfad zur Minecraft.EXE angegeben?
Hast Du neue Welten generieren lassen oder alte, gemoddete genommen? In letzterem Fall kann es sein, dass der Datenwert eines Mod-Blocks oder -Items mit einem "Schadenswert" oder einer Tile-Entity gespeichert wurde und mit dem Update diese ID von einem Vanilla-Block verwendet wird, was dann Schwierigkeiten mit den Zusatzinfos bringt.