Ob Bukkit bugs mit dem Command Block erzeugt, weiß ich nicht. Hier ist der Bugtracker von Mojang:
https://mojang.atlassian.net/i…~%20%22Command%20Block%22
Keiner der "Bugs" ist wirlkich schlimm und die meisten sind keine wirklichen Bugs von Spiel her.
Stell dich einfach mal einen Command Block am spawn auf mit dem Command "Hi" und schreibe auf einen Schild daneber aber Free Diamonds! Wenn irgendwann die nachricht "Hi" erscheint weiß man, das es jemand geschaft hat ihn zu aktivieren